Sekolah Menengah Kejuruan (SMK) Negeri 3 Manokwari atau yang lebih di kenal dengan Sekolah Pariwisata didirikan pada tahun 2007 berdasarkan kesepakatan bersama antara Direktur Pembinaan SMK dan Bupati Manokwari No. 0571L/C5.4/KEP/KU/2007 Tentang  Pendiriian USB-SMK Daerah Perbatasan/ Tertinggal SMK N 3 Manokwari. SMK Negeri 3 Manokwari terletak di Jl. Ekonomi Reremi, di atas tanah seluas 15.645 m2

Sejak tahun 2007 hingga saat ini, SMK Negeri 3 Manokwari baru dipimpin oleh dua Kepala Sekolah yaitu Bapak George T.G. Gaspersz, S.Pd dan Bapak Drs. Raymond L. Pattikawa. Bapak George T.G. Gaspersz, S.Pd adalah  perintis utama berdirinya SMK Negeri 3 Manokwari. Beliau memimpin SMK Negeri 3 Manokwari sejak tahun 2007 sampai dengan tahun 2021. Pada tahun 2021, terjadi rotasi di Lingkungan Dinas Pendidikan Provinsi Papua Barat. Bapak George T.G. Gaspersz, S.Pd dipromosikan menjadi Kepala Cabang Dinas (CDK) untuk wilayah Bintuni, Pegunung Arfak, Manokwari Selatan dan Teluk Wondoma. Sedangkan posisi Kepala SMK Negeri 3 Manokwari digantikan oleh Bapak Drs. Raymond L. Pattikawa.